COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 3.483947 2.593093 2.853636
2020-10-01 17:00:00 3.756284 2.728760 2.857383
2020-09-30 17:00:00 2.968249 2.968249 2.850104
2020-09-29 17:00:00 3.073595 3.073595 2.852347
2020-09-28 17:00:00 4.618952 2.402219 2.830422
2020-09-27 17:00:00 3.286376 3.286376 2.828030
2020-09-26 17:00:00 3.013301 3.013301 2.816297

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 3.648548 3.648548 2.431165
2020-10-01 17:00:00 2.427184 2.427184 2.360559
2020-09-30 17:00:00 2.270484 2.270484 2.307728
2020-09-29 17:00:00 2.306425 2.306425 2.295248
2020-09-28 17:00:00 3.149606 0.382775 2.261996
2020-09-27 17:00:00 3.671875 1.718750 2.153518
2020-09-26 17:00:00 1.889020 1.889020 2.034217

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 1.714898 1.714898 2.231727
2020-10-01 17:00:00 3.514377 3.514377 2.158774
2020-09-30 17:00:00 3.624009 3.624009 2.161527
2020-09-29 17:00:00 0.637620 0.637620 2.150523
2020-09-28 17:00:00 3.763441 0.888325 2.074142
2020-09-27 17:00:00 9.055877 2.697495 2.040662
2020-09-26 17:00:00 3.012048 3.012048 1.955448

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 1.033295 1.033295 0.846024
2020-10-01 17:00:00 0.862069 0.862069 0.821567
2020-09-30 17:00:00 0.948867 0.948867 0.824740
2020-09-29 17:00:00 0.720981 0.542888 0.850284
2020-09-28 17:00:00 0.512821 0.277316 0.845880
2020-09-27 17:00:00 1.657754 1.657754 0.867372
2020-09-26 17:00:00 0.850340 0.850340 0.895049

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 6.371912 4.657022 5.351851
2020-10-01 17:00:00 5.217391 5.706305 5.253177
2020-09-30 17:00:00 5.783958 5.783958 5.240093
2020-09-29 17:00:00 6.058039 6.058039 5.106337
2020-09-28 17:00:00 11.451863 5.915380 5.027155
2020-09-27 17:00:00 5.633479 5.633479 4.857152
2020-09-26 17:00:00 5.226016 5.226016 4.691963

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 2.567738 2.371354 2.580037
2020-10-01 17:00:00 3.139287 3.139287 2.570844
2020-09-30 17:00:00 2.342301 2.342301 2.557399
2020-09-29 17:00:00 2.122074 2.122074 2.559219
2020-09-28 17:00:00 3.231939 3.802281 2.568679
2020-09-27 17:00:00 2.568906 2.568906 2.562754
2020-09-26 17:00:00 2.085088 2.085088 2.589365

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 3.567568 3.567568 2.651644
2020-10-01 17:00:00 3.251569 1.597262 2.648919
2020-09-30 17:00:00 2.295082 2.295082 2.602029
2020-09-29 17:00:00 2.836879 2.836879 2.572749
2020-09-28 17:00:00 0.583090 0.583090 2.569391
2020-09-27 17:00:00 2.554745 2.554745 2.591203
2020-09-26 17:00:00 3.778866 3.778866 2.606280

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 2.754591 2.285058 2.690678
2020-10-01 17:00:00 3.253530 2.688766 2.707349
2020-09-30 17:00:00 2.585252 2.585252 2.695221
2020-09-29 17:00:00 3.012380 3.012380 2.725397
2020-09-28 17:00:00 3.161996 3.161996 2.729772
2020-09-27 17:00:00 2.641950 2.641950 2.693290
2020-09-26 17:00:00 3.020690 3.020690 2.667972

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 7.349081 7.349081 7.181660
2020-10-01 17:00:00 6.479860 6.479860 7.144045
2020-09-30 17:00:00 3.105968 6.059683 7.033038
2020-09-29 17:00:00 6.742424 6.742424 7.003679
2020-09-28 17:00:00 10.834990 10.834990 7.017437
2020-09-27 17:00:00 5.044843 10.874439 7.016737
2020-09-26 17:00:00 6.198083 6.198083 6.926737

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 2.502037 2.502037 1.820438
2020-10-01 17:00:00 2.019447 1.427325 1.808338
2020-09-30 17:00:00 1.713555 1.713555 1.783044
2020-09-29 17:00:00 2.038562 2.038562 1.767002
2020-09-28 17:00:00 2.452597 0.987921 1.760485
2020-09-27 17:00:00 2.026837 2.026837 1.769373
2020-09-26 17:00:00 2.084860 2.084860 1.771731

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 3.550296 2.876106 2.679495
2020-10-01 17:00:00 2.676864 3.146067 2.625274
2020-09-30 17:00:00 2.918782 2.918782 2.673965
2020-09-29 17:00:00 3.026775 3.026775 2.674318
2020-09-28 17:00:00 2.304147 0.572738 2.652865
2020-09-27 17:00:00 2.605863 2.605863 2.686885
2020-09-26 17:00:00 2.786710 2.786710 2.723037

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 0.858369 0.858369 1.449326
2020-10-01 17:00:00 0.411523 1.646091 1.455885
2020-09-30 17:00:00 1.190476 1.190476 1.397627
2020-09-29 17:00:00 0.840336 3.361345 1.381586
2020-09-28 17:00:00 0.569801 1.166181 1.377158
2020-09-27 17:00:00 4.861111 4.861111 1.362237
2020-09-26 17:00:00 1.366120 1.366120 1.352688

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 2.755906 2.755906 3.045634
2020-10-01 17:00:00 3.152174 4.148784 3.025431
2020-09-30 17:00:00 2.432046 2.432046 3.149539
2020-09-29 17:00:00 1.646091 1.149425 3.131622
2020-09-28 17:00:00 6.188119 6.188119 3.160072
2020-09-27 17:00:00 3.216374 3.216374 3.165397
2020-09-26 17:00:00 4.166667 4.166667 3.201581

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 5.349794 5.349794 5.127456
2020-10-01 17:00:00 7.619048 7.619048 5.103404
2020-09-30 17:00:00 3.645320 3.645320 4.939228
2020-09-29 17:00:00 2.857143 2.857143 4.850599
2020-09-28 17:00:00 17.699115 17.699115 4.747395
2020-09-27 17:00:00 6.078148 6.078148 4.642698
2020-09-26 17:00:00 5.156724 5.156724 4.485976

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 7.889049 4.142651 3.811370
2020-10-01 17:00:00 8.661417 3.783970 3.752756
2020-09-30 17:00:00 4.693539 2.995583 3.737601
2020-09-29 17:00:00 3.706449 3.706449 3.812647
2020-09-28 17:00:00 5.216426 5.216426 3.751028
2020-09-27 17:00:00 4.336399 4.336399 3.660181
2020-09-26 17:00:00 3.160071 3.160071 3.636679

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 2.924452 2.924452 3.129670
2020-10-01 17:00:00 4.102195 4.102195 3.091721
2020-09-30 17:00:00 3.282493 3.282493 3.071714
2020-09-29 17:00:00 2.615279 2.615279 3.025155
2020-09-28 17:00:00 5.232558 3.402003 3.010527
2020-09-27 17:00:00 4.518430 2.911877 2.951594
2020-09-26 17:00:00 1.825994 1.825994 2.975540

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 3.724395 3.724395 3.821911
2020-10-01 17:00:00 5.342237 5.342237 3.775819
2020-09-30 17:00:00 2.330896 2.330896 3.686254
2020-09-29 17:00:00 5.473965 5.473965 3.610885
2020-09-28 17:00:00 3.151618 3.151618 3.659192
2020-09-27 17:00:00 6.888008 3.121903 3.723889
2020-09-26 17:00:00 4.020421 4.020421 3.707212

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 3.678403 3.678403 3.431325
2020-10-01 17:00:00 4.040404 4.040404 3.428199
2020-09-30 17:00:00 4.460771 4.460771 3.337048
2020-09-29 17:00:00 3.920154 2.645503 3.256752
2020-09-28 17:00:00 6.845638 2.678220 3.228926
2020-09-27 17:00:00 3.557181 3.557181 3.241309
2020-09-26 17:00:00 2.598016 2.598016 3.233729

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 3.817186 1.968504 2.156164
2020-10-01 17:00:00 2.766571 2.766571 2.218180
2020-09-30 17:00:00 2.445985 2.445985 2.219043
2020-09-29 17:00:00 1.861083 1.191743 2.228842
2020-09-28 17:00:00 2.972028 1.811015 2.256441
2020-09-27 17:00:00 1.972271 1.972271 2.297962
2020-09-26 17:00:00 2.505124 2.505124 2.326530

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 5.950096 5.950096 3.355552
2020-10-01 17:00:00 4.125561 4.125561 3.223322
2020-09-30 17:00:00 4.397706 4.397706 3.066889
2020-09-29 17:00:00 1.762452 2.157598 2.953961
2020-09-28 17:00:00 3.353659 1.040681 2.839390
2020-09-27 17:00:00 1.552106 2.003817 2.745097
2020-09-26 17:00:00 3.225806 3.225806 2.697197

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 9.734513 9.734513 4.611874
2020-10-01 17:00:00 0.714286 0.714286 4.374034
2020-09-30 17:00:00 4.109589 4.109589 4.266631
2020-09-29 17:00:00 8.791209 8.791209 4.023442
2020-09-28 17:00:00 1.612903 1.612903 3.876639
2020-09-27 17:00:00 0.000000 0.000000 3.723025
2020-09-26 17:00:00 10.000000 10.000000 3.469684

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-02 17:00:00 2.167991 3.929637 3.587594
2020-10-01 17:00:00 7.098421 3.046738 3.590794
2020-09-30 17:00:00 3.204466 3.204466 3.588413
2020-09-29 17:00:00 3.277154 3.277154 3.582434
2020-09-28 17:00:00 8.693587 3.861167 3.618395
2020-09-27 17:00:00 4.307776 4.307776 3.655602
2020-09-26 17:00:00 3.913043 3.913043 3.648644

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.648548 3.648548 2.431165
Basilicata 1.714898 1.714898 2.231727
Calabria 1.033295 1.033295 0.846024
Campania 6.371912 4.657022 5.351851
Emilia-Romagna 2.567738 2.371354 2.580037
Friuli Venezia Giulia 3.567568 3.567568 2.651644
Lazio 2.754591 2.285058 2.690678
Liguria 7.349081 7.349081 7.181660
Lombardia 2.502037 2.502037 1.820438
Marche 3.550296 2.876106 2.679495
Molise 0.858369 0.858369 1.449326
P.A. Bolzano 2.755906 2.755906 3.045634
P.A. Trento 5.349794 5.349794 5.127456
Piemonte 7.889049 4.142651 3.811370
Puglia 2.924452 2.924452 3.129670
Sardegna 3.724395 3.724395 3.821911
Sicilia 3.678403 3.678403 3.431325
Toscana 3.817186 1.968504 2.156164
Umbria 5.950096 5.950096 3.355552
Valle d'Aosta 9.734513 9.734513 4.611874
Veneto 2.167991 3.929637 3.587594
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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